Das Frauenmuseum Bonn wurde am 2. Mai 1981 von der

heutigen Direktorin Marianne Pitzen und einer Gruppe interdisziplinär arbeitender Frauen in Bonn gegründet, um Künstlerinnen und anderen engagierten Frauen die Möglichkeit zu geben, Ausstellungen zu zeigen.

Es war weltweit das erste Museum mit dem Namen Frauenmuseum. Schon zuvor hatten Künstlerinnen, Architektinnen und Frauen der Raum- und Stadtplanung den Verein "frauen formen ihre stadt" gegründet und Ausstellungen zum Wohnen und zur Stadtplanung von Frauen entwickelt. Für die Dauer der Ausstellung "Wo Außenseiterinnen wohnen" konnte 1981 von der Stadt ein Nutzungsrecht über das leerstehende Kaufhaus als Ausstellungsort ausgehandelt werden. Doch die Betreiberinnen nutzen das Gebäude auch weiterhin für ihre Aktivitäten, was einer Hausbesetzung gleichkam. Es gelang ihnen einen vorläufigen Nutzungsvertrag auszuhandeln, mit der Bedingung ein Kulturzentrum einzurichten.

Seit 1984 gab es einen regulären Mietvertrag, die Stadt übernahm die Mietkosten, bis sie das Gebäude 2018 verkaufte. Es gelang der museumseigenen gemeinnützigen Stiftung das Haus zu erwerben. Dias Frauenmuseum finanziert sich über Projektförderungen.

Mehrere Meilensteine kennzeichnen die Entwicklung des Hauses: 

• Die Ausstellung "Die Bonnerinnen" wurde 1989 zum 2000-jährigen Stadtjubiläum eines der Vorzeigeprojekte der Stadt Bonn. Damit erlangte das Frauenmuseum überregionale Aufmerksamkeit und Anerkennung. Seitdem gehören selbst erarbeitete Geschichtsausstellungen zum festen Repertoire des Hauses.

• In Kooperation mit der GEDOK und dem Bundesverband Bildender Künstlerinnen und Künstler wurde 1994 der Gabriele-Münter-Preis installiert, der vom Bundesfrauenministerium finanziert war. Es war europaweit der erste renommierte Kunstpreis, der sich an bildende Künstlerinnen wandte, die älter als vierzig Jahre sind

• 2012 war das Frauenmuseum Bonn Gründungssitz des Verbande International Association of Women's Museums, in dem sich die Frauenmuseen weltweit zur Interessenvertretung und gegenseitigen Unterstützung zusammenschlossen.

Heute kann das Frauenmuseum Bonn auf über 700 Ausstellungen zurückschauen und ist mit seinen umfangreichen Begleitprogrammen lange zu einer auch international anerkannten Institution geworden. Seit 1981 wurden Arbeiten von mehreren tausenden Künstlerinnen gezeigt. Das Museum betreut auch eigene Bestände nationaler und internationalen Künstlerinnen.

Das Frauenmuseum Bonn wird vom Verein Frauenmuseum – Kunst, Kultur, Forschung e.V. getragen, der ca. 450 Mitglieder zählt.